Окруженный с трех сторон морем Хаапсалу занимает территорию порщадью 10,59 км2. Старый город находится на полуострове с двумя грядами, который продолжается на северо-восток в виде цепи соединенных с материком островков.
Аэродром в Кильтси, построенный бывшей советской армией, располагается на территории площадью около 800 га. Длина взлетных полос с бетонным покрытием достигает 2500 метров.