В августе 1964 года легендарный космонавт Юрий Гагарин посетил Киргизию с официальным визитом. В память об этом знаменательном событии в Барскоонском ущелье установлено сразу 2 памятника советскому герою.
Музей создан в память о жизни первооткрывателя Николая Михайловича Пржевальского. Музей был открыт в 1957 году, за первые три года существования музея было собрано около 386 экспонатов.