Национальный Парк Кыргыз-Ата находится в 40 км от города Ош, на северном склоне Алайского хребта. Его территория расположена на средних высотах, где хорошо сохранены массивы арчовых лесов.
Высокогорная Алайская долина расположена на самом юге Кыргызстана. Эта тектоническая впадина, ограниченная с севера Алайским и с юга Заалайским хребтами.