Городской музей Задара как отдел Национального музея Задара работает в здании, которое до Наполеона было одним крылом монастыря Святого Хрисогона, которое позже было преобразовано в лицей, а затем в начальную школу и техникум экономики.
Археологический музей Нарона - первый музей в Хорватии, построенный прямо на месте археологических раскопок - ранее здесь располагался Древний город Нарон. Главным экспонатом музея является римский храм со скульптурами царя Августа и царицы Ливии.
Отдел естественной истории Национального музея Задара уходит своими корнями в эпоху Наполеона в Задар в 19 веке, когда губернатор Задарского лицея Виченцо Дандоло настаивал на создании Кабинета естественной истории.