Окруженный с трех сторон морем Хаапсалу занимает территорию порщадью 10,59 км2. Старый город находится на полуострове с двумя грядами, который продолжается на северо-восток в виде цепи соединенных с материком островков.
Большую часть года Хаапсалуский залив Тагалахт представляет собой захватывающее место для наблюдения за птицами, нет необходимости выбираться загород, достаточно лишь подняться 15-метровую смотровую вышку, находящуюся на Променаде.