Первые упоминания о церкви в Пайсту относятся к 1329 году в описании набегов литовцев. Построенная, по-видимому, в конце 13-го века каменная церковь первоначально была без башни.
Усадьба Пярсти принадлежала таким дворянским семействам, как фон Энгельхардт, фон Белоу и фон Стрик. С 1898 года вплоть до ее отчуждения усадьба находилась в собственности дворянского семейства Клапье де Колон.
На площади, названной в честь эстонского военнослужащего и политика Йохана Лайдонера, в средние века располагался рынок, и это была главная площадь города.