Первые упоминания о церкви в Пайсту относятся к 1329 году в описании набегов литовцев. Построенная, по-видимому, в конце 13-го века каменная церковь первоначально была без башни.
Сооружение каменной крепости было начато в 1224 году на месте городища древних эстонцев. Свой законченный облик и размер крепость обрела в начале 16 века, став одной из самых выдающихся на территории Эстонии и Латвии.