В 1989 году учеными Французского национального географического института было установлено, что географический центр Европы находится в Литве, в 26 км к северу от Вильнюса.
Музей создан в 1991 году в доме Марии Шлапелене и Юргиса Шлапялиса, который они приобрели в 1926 году. Настоящий дом является архитектурным памятником XVII a. В 1994 году открыта музейная экспозиция.