Ещё в 1543г., на месте настоящего костёла, Вильнюсский эпископ П.Алсенишкис построил готическую часовню. Дом, находящийся рядом с часовней, монахи бонифраты ХVII в. перестроили в костёл в стиле барокко.
В IV–VIII веках на этом месте находилось деревянное поселение, на территории которого во второй половине XIII века появились каменные замковые укрепления.