Музей был основан в 1920 году и начал свою деятельность как краеведческо-педагогический кружок. В 1937 году учреждение было включено в состав Азербайджанского филиала Академии Наук СССР, а в 1945 году – в состав Института геологии.
Дворец Ширваншахов - бывшая резиденция правителей Ширвана, истрико-архитектурный памятник, национальное достояние Азербайджана и объект Всемирного наследия ЮНЕСКО.
Музей азербайджанской литературы имени Низами Гянджеви в Баку был открыт в 1945 году. На сегодняшний день музей имени Низами Гянджеви является крупнейшей и богатейшей сокровищницей азербайджанской духовной культуры.