Нарынский Государственный Заповедник расположен в восточной части Нарынской области. Его территория начинается у истока реки Нарын и охватывает склон лесного массива хребта Нарын-Тоо.
Река Ат-Баши, южный приток Нарына, протекает с севера на юг, в Ат-Башинском районе, Нарынской области Кыргызстана, она берет свое начало в предгорьях внутреннего Тянь-Шаня.
Через перевал Молдо-Ашуу ведет одна из дорог к озеру Сон-Куль. Высота перевала 3201 м. Многие путешественники говорят, что Молдо-Ашуу – это одно из самых прекрасных мест в стране.