В 1662 году в городе Белгороде был образован женский монастырь. В 1717 году по просьбе игуменьи Марфы к обители была приписана расположенная в семи верстах от города в урочище Лог (ныне Монастырский лес) часовня...
Музей был открыт 29 мая 1999 года как подразделение Белгородского государственного центра народного творчества. С 2005 года музей приобрел статус государственного учреждения культуры.