Государственный Дарвиновский музей был основан 7 октября 1907 г. молодым зоологом Александром Федоровичем Котсом. В то время это был первый и единственный музей эволюции.
Музей открыт 15 декабря 1999 года. Он разместился в доме бывшей усадьбы конца XVIII века - особняке купца Губина, построенном архитектором Матвеем Казаковым.
В историческом здании Галереи размещена экспозиция русского искусства XI - начала XX века. В древнерусском разделе можно увидеть работы как безымянных, так и известных иконописцев XII-XVII столетий