Храм во имя Святой равноапостольной Марии Магдалины в городе Минске был построен в конце сороковых годов XIX века на православном кладбище. Место, где расположена церковь, старожилы до сих пор называют Переспой - по имени реки, притока Свислочи, и фольварка, который минский судья Мартин Володкович пожертвовал православному монастырю. Впрочем, чаще минчане именуют Переспу Сторожевкой. Небольшая деревянная церквушка, построенная здесь еще в начале XIX века, сгорела.
В 1847 г. на пожертвования горожан вместо сгоревшей деревянной была построена каменная церковь с большими позолоченными куполами. Новопостроенная церковь была освящена 26 октября 1847 г. Стены храма украсила фресковая роспись. Через год было построено новое деревянное здание богадельни.
В 1903-1904 гг. рядом с причтовым домом, был возведен одноэтажный дом духовного училища (церковно-приходской школы). К этому же времени относится строительство каменной брамы, в нишах которой размещались иконы. О церкви за период 20-30-х гг. данные очень отрывочные. Так, известно, что в 1926 г. настоятелем прихода был протоиерей Язвицкий, открыто не поддержавший новообновленцев. Церковь во имя святой равноапостольной Марии Магдалины была закрыта осенью 1933 г., но неожиданно для всех к 19 января 1934 г. храм был возвращён верующим. На некоторое время он становится как бы Кафедральным собором. 8 июля 1937 г. храм закрывается вторично и его превращают в столярную мастерскую. На купольных фресках у евангелистов были соскоблены лики, с колокольни сорвана маковка с крестом. Сам храм обнесли глухим деревянным забором.
В 1950 г. началась реконструкция здания: изменили интерьер и фасад здания, положена обыкновенная крыша на место снесенных купола и фасадной части. В 1970 гг. возникла реальная угроза полного уничтожения храма, так как в то время активно велось проектирование новой транспортной магистрали как раз на месте церкви. Общество охраны памятников истории и культуры и общественность города встали на защиту этого храма - свидетеля древней истории Минска. Борьба завершилась тем, что церковь во имя святой равноапостольной Марии Магдалины и Сторожевская брама были приняты под государственную охрану как памятники архитектуры. В начале 1980 гг. храм был включён в «Свод памятников истории и культуры Белоруссии», где говорится, что «церковь является оригинальным памятником архитектуры так называемого «русско-византийского стиля», получившего распространение на территории Российской империи с 30-40-х гг. XIX в. Это был один из первых памятников такого типа, сооруженных на землях Беларуси. Рядом с храмом находятся Сторожевские ворота, построенные в конце XIX в., которые композиционно подчеркивают главный вход в церковь.
Возрождение храма святой Марии Магдалины началось в 1990 г. В марте этого года начались ремонтно-реставрационные работы, продолжавшиеся семь месяцев. Богослужение в течение этого времени совершалось в подвальном помещении. 25 ноября произошло освещение храма. К тому времени он был полностью восстановлен и приобрёл свой первоначальный облик. Из Свято-Духова собора крестным ходом в храм в особом ковчежце была внесена частица мощей св. равноапостольной Марии Магдалины.
В 2000 г. была завершена роспись храма, начатая в 1996 г. минским художником-иконописцем Виктором Довнаром. В этом же году асфальт на территории храма был заменен декоративной плиткой, а цокольная часть обоих храмов была облицована натуральным чувашским камнем. При храме работает свечная мастерская, сестричество воскресная школа, библиотека-читальня. Слева от церкви Марии Магдалины в 1992 г. построена крестильная церковь во имя Предтечи и Крестителя Господня Иоанна (освящена в 1995 г.). В 1998 г. справа от церкви построена деревянная часовня в честь Собора Белорусских Святых, где в настоящее время совершаются молебны, панихиды, читается Псалтирь.