Церковь Святого Духа (Церковь Свято-Духова Монастыря) расположена в историческом центре Вильнюса, является одним из важнейших православных храмов Литвы, историческим и архитектурным памятником. В 1597 году на участке земли, принадлежавшем знатным горожанкам, сёстрам Волович, была построена деревянная церковь Святого Духа. Спустя несколько лет храм стал пристанищем для монахов Свято-Троицкого братства, монастырь и церковь которых, согласно подписанной в 1569 году Брестской унии, перешли под управление униатов. К 1605 году при храме Святого Духа образовалась мужская обитель с небольшим женским отделением, братство стало называться Свято-Духовским. Церковь быстро обрастала постройками, при ней работали братские школа и типография. В 1609 году на базе церкви Святого Духа, оставшейся единственной православной церковью в Вильно, образовался Свято-Духов монастырь, его первым настоятелем стал архимандрит Леонтий Карпович. В 1634 году с позволения короля Владислава IV на месте деревянной церкви был построен новый каменный храм с главным престолом в честь Сошествия Святого Духа на апостолов и с приделами во имя апостола Иоанна Богослова и святых равноапостольных Константина и Елены. Первое богослужение в нём совершилось 16 апреля 1634 года. Монастырь первоначально был подчинен Константинопольскому Патриарху, с 1686 года был переведен под управлением Московского Патриархата. Обители оказывали покровительство и материальную помощь император Пётр I, цесаревна Наталия Алексеевна и императрица Анна Иоановна. Во время сильных пожаров 1748-1749 годов, бушевавших в городе, церковь Святого Духа сгорела почти до основания, были уничтожены монастырские постройки и корпуса братской школы. Разрешение у местных властей на восстановление монастыря удалось получить только в 1751 году. Работами руководил архитектор Иоганн Кри́стоф Гла́убиц. В 1753 году здания были отстроены заново. Новые разрушения постигли храм в 1812 году, во время Наполеоновских войн, церковь была разграблена и осквернена французскими солдатами. Ремонт храма был произведен за счёт пожертвований виленского купца первой гильдии Александра Слуцкого. В 1814 году в пещерном склепе Свято-Духовского храма были обнаружены мощи мучеников Антония, Иоанна и Евстафия. Мощи тайно хранились в склепе с 1661 года, и только благодаря духовнику дочери русского императора Павла I, Александры Павловны, получившему доступ к Патриаршему архиву в Константинополе, стало известно донесение наместника Свято-Духова монастыря Иосифа Тукальского, сообщавшего, когда и где он спрятал святые мощи. В 1826 году решением Синода святые мощи были открыто выставлены в подземной пещерке Свято-Духовской церкви для поклонения всем верующим. В 1836-1837 годах храм был перестроен под руководством архитектора Порто. В церкви были открыты своды, надстроен купол, настелена металлическая крыша, а внутри положили тёплый деревянный пол. После перестройки храм принял внешний вид, который с тех пор почти не менялся. В 1850 году стараниями архиепископа Иосифа Семашко в Свято-Духовом храме была оборудована пещерная церковь в честь виленских мучеников, в 1852 году мощи святых Антония, Иоанна и Евстафия были помещены в новую раку и перенесены в пещерный храм. В 1915 году, во время Первой мировой войны, мощи были вывезены в Москву, в Свято-Духов храм они были возвращены только в 1946 году. В 1997 году по благословению митрополита Хризостома раку со святыми мощами подняли в главный храм, в пещерной церкви осталась усыпальница митрополита Иосифа Семашки. В 90-х годах XX века в храме был произведен капитальный ремонт и обновлено внутренне убранство, в 1998 году над ракой появилась ажурная шатровая сень из резного дуба. Огромную ценность также представляют деревянный трёхъярусный иконостас, изготовленный по проекту Иоганна Глаубица в 1753-1756 годах и двенадцать икон работы Ивана Трутнева. В 1993 году в Свято-Духовом монастыре была открыта общедоступная библиотека духовной литературы, её фонд насчитывает около 15000 книг. В настоящее время на территории монастыря расположены управление Виленской епархии и резиденция правящего архиерея, священно-архимандрита Свято-Духова монастыря.