Санктуарий Милостивой Божией Матери Покровительницы Варшавы расположен в Старом городе, в историческом районе Варшавы, рядом с Королевским замком. Церковь была построена в 1609-1626 годах для ордена Иезуитов по инициативе проповедника Петра Скарги. Средства на возведение храма были пожертвованы королём Сигизмундом III Ваза, камергером Анджеем Боболи и братьями Гостомскими. Автором проекта стал архитектор Ян Франкевич. Здание было построено в стиле позднего ренессанса. Однонефная церковь с апсидой, увенчанной куполом, с декоративным фронтоном и 65-метровой колокольней сочетает в себе элементы итальянской и северо-европейской архитектуры. Освящение храма состоялось в 1626 году. В 1627 году были построены три часовни, в 1633 году - крыльцо храма, в 1636 году - церковный хор. В 1635 году в церкви была похоронена Урсула Мейерен, фаворитка короля Сигизмунда III, которая, обладая большой политической властью и влиянием на короля, покровительствовала ордену Иезуитов и пожертвовала немалую сумму храму на приобретение серебряной дарохранительницы. Во время вторжения шведов в Речь Посполитую в 1655-1660 годах храм и иезуитская библиотека были разграблены, был украден роскошный серебряный алтарь, подаренный церкви в 1640 году кардиналом Карлом Фердинандом Ваза. В 1660 году была открыта церковная аптека, услугами которой пользовались все жители Варшавы. В 1720 году, по инициативе епископа Луи Варфоломея Залуски, началось строительство двухэтажного здания в задней части церкви, в нём разместились школа, аптека и церковная библиотека. До конца XVIII столетия церковь процветала, были построены ещё две часовни, интерьер отличался пышностью и богатством. После упразднения ордена Иезуитов в 1773 году, церковь несколько раз меняла владельцев, некоторое время в храме располагались церковно-приходская школа, и, даже, магазин по продаже церковной утвари. В 1834 году церковь была передана ордену Пиаристов. Иезуиты смогли вернуть храм только после Первой мировой войны, в 1920-1930 годах церковь была отремонтирована и приобрела свой первоначальный вид, а в 1944 году, во время Варшавского восстания, храм был сожжён дотла. Восстановительные работы велись с 1950 по 1973 год. От уничтожения были спасены чудотворная икона Милостивой Божией Матери, покровительницы Варшавы, подаренная королю Яну Казимиру папой Иннокентием Х, барочная скульптура Милостивой Божией Матери начала XVIII века, деревянное распятие XVII века и гроб с мощами святого Анджея Боболи, которые были спрятаны в подземелье, что уберегло реликвии от огня. У входа в храм была установлена скульптура медведя, оставшаяся от существующей до 1944 года скульптурной пары медведя и льва, изготовленных в мастерской Джона Джорджа Плерша в середине XVIII века. Статуи появились в храме при ордене Пиаристов, с каменным медведем связана романтическая легенда, согласно которой превращенный в камень принц ждет женщину, чья любовь сможет вернуть ему человеческий вид. "Ангельские" входные двери, точная копия дверей в римской церкви Санта-Мария-дель-Анджели, были сделаны в 2009 году, к празднованию 400-летия храма, скульптором Игорем Миторай. В 1970 году указом Ватикана Милостивая Божия Матерь официально признана покровительницей Варшавы, а 7 октября 1973 года польский Предстоятель кардинал Стефан Вышинский объявил об увенчании папской короной образа Милостивой Божией Матери, покровительницы Варшавы.