Монастырь по времени своего основания один из древнейших на Севере. Он возник в 12 веке на территории древнего городища Гледен, заложенном князем Всеволодом Большое Гнездо. Город был разрушен в середине 15 века в результате жестоких междоусобных войн русских князей. Город восстановлен не был, но Троице-Гледенский монастырь устюжане отстроили заново. Ансамбль монастыря сложился в конце 17 - первой половине 18 века, когда на средства богатых устюжских купцов в камне отстроили сначала Троицкий собор, затем - теплую Тихвинскую церковь с трапезной, церковь Успения Богоматери и больничную палату. В Троицком соборе находится великолепный пятирусный иконостас второй половины 18 века. Он выполнен в стиле барокко и поэтому отличается сложностью построения.
Троице-Гледенский монастырь не подвергался поздним переделкам и сохранил неизменным свои первоначальные формы, что придает комплексу особое очарование.
Искусствоведы относят Троице - Гледенский монастырь к числу наиболее совершенных монастырских ансамблей Русского Севера. Монастырь просуществовал несколько веков. В 1841 году он был упразднен, а в 1912 году вновь открылся в качестве женской обители и был окончательно закрыт в 1925 году. С начала 1980 - х гг. архитектурный комплекс Троице- Гледенского монастыря является филиалом музея.