Одной из наиболее интересных построек университетского комплекса является костел св. Иоаннов с колокольней. Полное название храма – костел св. Иоанна Крестителя и св. Иоанна Богослова, поэтому некоторые называют храм костелом святых Иоаннов. Строительство костела св. Иоанна продолжалось почти 40 лет и было завершено в 1426 году. В то время это было готическое здание. В 1571 году костел перешел в ведение Ордена иезуитов. С тех пор он считается частью университетского комплекса.
Костел св. Иоанна видел не только службы, но и студенческие акции протеста, театральные постановки, встречи королевских особ. В советское время храм был превращен в склад. Впоследствии в нем был открыт университетский музей. Сегодня костел св. Иоанна вновь выполняет свою исконную миссию. В 1993 году его посетил папа римский Иоанн Павел II.
Колокольня костела св. Иоанна является одним из самых высоких зданий Старого города. Ее высота – 68 метров. Нынешний фасад костела св. Иоанна был спроектирован в XVIII веке известным архитектором, представителем школы вильнюсского барокко Иоганном Христофором Глаубицем.
54.6826, 25.2885