Костел был основан в 1355 г. Карлом IV как часть монастыря августинианок. Нынешний вид храма относится к его реконструкции в 1737-41 гг. в стиле барокко, однако от первоначального строения осталась высокая восьмиугольная башня, прозванная Пражским минаретом. Храм св. Екатерины Александрийской находится в ареале Всеобщей факультетской больницы, а управляет им Православная церковь.
50.0737, 14.4254