История музея берёт начало с маленькой школьной экспозиции, созданной в городском училище имени Пушкина в марте 1908 года. Группу энтузиастов возглавлял учитель труда Николай Гоман. Коллекция постоянно пополнялась, и со временем ей стало не хватать места. Поэтому в 1930 году музей "переселился" в новое здание (бывшее казначейство), где находится по сей день. Постройка - 1883 года. В 1957 году к зданию музея был пристроен второй этаж. С 2005 года музей носит имя Харитона Ахвледиани, который был директором с 1938 по 1989 год.

Музей занимает два этажа и состоит из четырех отделов: природы, археологии, этнографии и истории. В экспозиции представлено порядка 170.000 экспонатов. Среди них – редкие памятники флоры и фауны, археологические коллекции, уникальный этнографический материал, различные документы, фотографии, рукописи, коллекция оружия. Помимо этих 4-х отделов, есть выставочный зал и внутренний дворик, где представлена смешанная коллекция - начиная от старинных каменных крестов, предметов быта, и заканчивая скелетом кита.

Отдел природы
Это первый зал, куда попадает посетитель. В нем находится ранняя геологическая карта Аджарии. Вот, что написано о геологии этого края: "Аджария прошла долгий путь геологического развития. 155 млн. лет назад ее территория была покрыта морем, но приблизительно миллион лет назад в результате вулканических извержений море отступило, и появилась суша". В этих местах произрастали дубы, инжир, пальмы и лоза редчайшего гигантского винограда. Здесь также представлены другие окаменевшие растения, а также гербарии - горных, субтропических, декоративных, лечебных растений... Можно увидеть и образцы осадочных пород, полезных ископаемых. В зоологическом отделе – насекомые, чучела птиц и животных, заспиртованные амфибии и пресмыкающиеся, когда-либо обитающие в этих местах.

Отдел археологии
В этом отделе собрана впечатляющая коллекция, насчитывающая около 1500 экспонатов – орудия и изделия ремесел каменного века, предметы, найденные в результате раскопок захоронений эллинистического периода, каменные идолы и алтарь дохристианской эпохи, серебряные, бронзовые браслеты, коллекции глиняной посуды, нумизматические коллекции. В большом количестве в музее представлены греческие керамические изделия с различными орнаментами. Среди этих экспонатов особое место занимает кратер (др.-греч. κεράννυμι — смешиваю) с изображением сцен из мифов Древней Греции, являющийся визитной карточкой музея. В этом сосуде, отличительным признаком которого является широкая горловина, смешивали вино и воду. Найден был этот артефакт в 1967 году, во время археологических раскопок в Пичвнари, около Кобулети, и относится он к V веку до н.э. Это довольно-таки редкий экспонат - таких кратеров в мире всего три. Остальные два хранятся в Лувре (Франция) и Бостонском музее изящных искусств (США).

Отдел этнографии
Здесь можно увидеть сундук для приданого, шкаф. Убранство дополняют глиняная и деревянная посуда, деревянные лыжи, плетеные корзины. Примечательна медная тарелка, украшенная арабской вязью. Рядом располагается макет - в натуральную величину! - оружейной мастерской. Там же - изумительная коллекция женских свадебных нарядов XIX века. В следующей витрине - чакура (мужская одежда красного цвета), азиацки (кожаные сапоги), чоха-шали. Коллекцию дополняют сделанные аджарскими мастерицами XVIII-XIX веков платки, ковер, перчатки, узорчатые носки.

Исторический отдел
Здесь можно увидеть фотографии с изображением памятников культуры, оружие, фотографии известных людей, оставивших след в истории Аджарии. Особенно примечательна коллекция оружия времен русско-турецкой войны (1877-1878): копья кирасиров, короткая шпага, ятаган, кремневое оружие, берданка, мушкет, гранаты, пистолеты. А рядом снаряжение грузинского воина: доспехи, кольчуга XVI века (весящая 30 килограмм), шлем, грузинская сабля «Горда» XIX века, кинжалы, пистолеты, наконечники копья.

Во внутреннем дворике музея есть некоторое количество экспонатов. В том числе и 18-ти метровый скелет кита. Капитан Алексей Соляник и капитан Абесалом Зенаишвили передали его в подарок музею в 1962 году. Кит был убит в дальних водах Антарктики.