В XII веке в Австрии ирландские монахи назывались шотландцами, поэтому, когда Генрих Язомироготг 1155 году основал мужской католический монастырь, его назвали Шотландский монастырь. Первая церковь в романском стиле с одной апсидой была возведена «шотландцами» в 1160 году. Именно в этой церкви в 1177 году был похоронен австрийский герцог Генрих II. Его захоронение стало одной первых монарших могил, которые позже появились там. В 1276 году церковь сгорела и её отстроили вновь.
В 1443 году сильное землетрясение стало причиной значительных разрушений церкви. Реставрационные работы были завершены к 1449 году, но из-за недостатка финансировани, работа была выполнена некачественно, в 1634 году провалилась крыша. В 1638 году в церковь попала молния, произошел пожар, а башня была полностью разрушена, что было использовано как возможность полностью перестроить церковь в стиле барокко.
В 1638-1641 гг реконструкция была проведена архитекторами Карло Антонио Карлоне и Марко Спацио. В 1643-1648 гг Андреа Аллио старший, Андреа Аллио младший и Сильвестро Карлоне реконструировали неф и западную сторону. В процессе длина церкви была несколько уменьшена, в результате чего башня больше не находится непосредственно рядом с базиликой. Интерьер церкви был оформлен Тобиасом Поком и Иоахимом фон Зандрартом в стиле раннего итальянского барокко.
После турецкой осады в 16 веке храм был вновь восстановлен.
В 1883 году церковь вновь отреставрировали, Генрих фон Ферстель и Макс Хаас создали новый алтарь. Стеклянная мозаика, изображающая Мадонну с младенцем, выполнена Майклом Рисом. На потолке Юлий Шмид сделал роспись. Окончательная перестройка была проведена в 1992-1994 гг. В церкви сохранился орган в стиле барокко, на котором играл композитор Иоганн Фукс (около 1690 г).