Церковь Святого Михаила расположена во Внутреннем городе, в восточной части площади Михаэлерплац. Трехнефная базилика была заложена в 1221 году монахами ордена Святого Михаила. В XIV веке церковь была расширена, а в XVI веке перестроена в готическом стиле. С XIII по XVIII века Михаэлеркирхе была одной из трех приходских церквей Вены наряду с собором Святого Штефана и Шотландским монастырем. В приход Михаэлеркирхе входила императорская резиденция. В 1724-1725 гг церковь обрела барочный вид.
10 декабря 1792 г. на отпевании Вольфганга Амадея Моцарта в церкви впервые был исполнен его "Реквием".
В 1792 году западный фасад был оформлен в стиле классицизм. В обширной крипте церкви Святого Михаила тела усопших естественным образом мумифицировались благодаря особым климатическим условиям и доступны для осмотра.
В 1819-1822 гг были построены новые кафедры и новый боковой алтарь. В 2003 году началась перестройка церковных помещений и реставрация предметов искусства. На сегодняшний день реставрация не закончена, поэтому иногда некоторые помещения церкви закрыты для посещения.