Целью создания заповедника является охрана и изучение экосистем дельты одной из крупнейших рек Сибири, охрана нельмы и сиговых рыб, мест массового гнездования водоплавающих перелетных птиц, самой северной в Еавразии популяции черношапочного сурка, а также самых северных в Якутии массивов леса (о. Тит-Ары на Лене).
Общая площадь заповедной территории - 1 433 000 га. Здесь на пойменных и термокарстовых тундровых озерах, многочисленных протоках Лены, по морскому побережью водится и гнездится около 110 видов птиц, в основном водоплавающих и околоводных. Их численность здесь достигает десятков тысяч. Среди них редкие и исчезающие "краснокнижные" виды: малый лебедь, краснозобая гагара, лебедь-кликун, чирок-клоктун, орлан-белохвост, сокол-сапсан, беркут, кречет и другие. Появляется здесь и редчайший гость-белый журавль-стерх. Под защиту Усть-Ленского заповедника попадают и такие животные, как белый медведь, снежный баран, северный олень, песец, лемминги. Это все аборигены, постоянные жители Арктики. С юга, из лесотундры в заповедник наведываются бурый медведь, росомаха, рысь, лось.