Основан в 1994 году, и к моменту основания не имел здания и коллекций. Вплоть до 2001 года музей был вынужден работать в режиме офиса: коллекции хранить у партнеров (в коммерческих банках), выставочные и образовательные проекты осуществлять на чужих площадках. Тем не менее, за годы своего существования Сургутский художественный музей сложился как особая культурная институция.