По пятам за военным покорением царства инков шло его религиозное порабощение. Католическая церковь сокрушала древние верования инков и силой обращала их в христианство. Это миссионерство осуществлялось различными церковными орденами - францисканцами, доминиканцами, августинцами и не в последнюю очередь иезуитами. Первые церкви размещались в простых, незатейливых зданиях, а для больших общин богослужение проводилось прямо под открытым небом. Но с середины XVI века строительство церквей приобретает солидный размах, индейцы под надзором священников возводят все более величественные храмы. Церкви строились, как правило, в испанском стиле - эти массивные здания с мощными стенами выглядят как неприступные бастионы веры, долженствующие уберечь хранящиеся в них святыни от осквернения индейцами-язычниками. Примерно в те же времена началась беспощадная эксплуатация месторождений золота и серебра (в 1545 году в Боливии была открыта гора Потоси, вся пронизанная серебряными жилами), и церкви во славу Божию стали все более пышно украшаться этими металлами. Построенная в стиле барокко церковь Ла Компания (La Campania - Церковь Христова братства) считается богатейшим христианским храмом всей Латинской Америки. Возведение её было начато в 1605 году, но завершено лишь в XVIII столетии. Пышный фасад, увенчанный зелеными и золотыми куполами, украшен статуями и витыми колоннами. Интерьер церкви выдержан в пурпурных и золотых тонах. Утверждают, что на убранство алтарей, стен и хоров ушло 6,4 тонны золота. Главный алтарь, расположенный под очень красивым купольным сводом, а также десять алтарей в боковых нишах щедро украшены листовым золотом. Кафедра и исповедальни поражают изысканной резьбой по дереву. Каждый свободный сантиметр стен и потолка расписан яркими, сияющими красками. Оформление интерьера иногда напоминает образцы мавританского стиля. В целом церковь производит впечатление галереи художественной школы Кито, которая и по сей день вызывает восхищение. Росписи сводов церкви Ла Компания по праву считаются ответом художественной школы Кито на знаменитую Сикстинскую капеллу. Богоматерь Скорбящая, главная икона церкви, богато украшенная золотом и изумрудами, постоянно хранится в сейфе Центрального банка и демонстрируется миру лишь по случаю особо важных церковных церемоний. В церкви покоятся бренные останки Санта-Марианиты де Хесус, святой-покровительницы города Кито. Она была родом из испанской семьи, но принимала близко к сердцу беды и страдания индейского населения, подчинив свою жизнь религиозному подвигу сурового жертвенного покаяния. Когда в городе разразилась эпидемия чумы, она предложила Господу принять её жизнь во искупление грехов других людей, и вскоре, в 1645 году, действительно умерла. В 1950 году она причислена к лику святых. Францисканцы построили в Кито множество храмов и монастырей. Благодаря им город считается столицей католической веры во всей Латинской Америке.