Костёл Святого Франциска Ассизского известен также как Костёл Святых Франциска и Бернардина или Бернардинский костёл, поскольку храм неоднократно разрушался, а затем отстраивался и освящался заново. Костёл был возведен в 1469 году монахами-францисканцами. Для строительства костёла и монастыря Святого Бернарда Сиенского монахам был выделен земельный участок, на котором раньше, согласно легенде, располагалось древнее языческое святилище. Первый храм был деревянным, в 1475 году он полностью сгорел во время пожара. В 1490 году рядом с костёлом Святой Анны был возведён новый каменный костёл. Из-за ошибок в конструкции, вскоре храм стал рушиться, появились трещины в стенах, и он был снесён. Третий по счёту костёл, во имя Франциска Ассизского, был построен в начале XVI века. С 1577 года до середины XVII века на средства Великого князя Литовского Стефана Батория, князя Николая Христофора Радзивилла и горожан Вильно восстанавливалось внутреннее убранство храма, полностью выгоревшее после очередного пожара. Были построены новые алтари и возведены часовни Святого Флориана, Святого Михаила, Петра Алькантрийского, реконструированы готические своды боковых нефов. В костёле был установлен орган, по свидетельствам современников, лучший в Великом княжестве Литовском. Богатый алтарь со скульптурным изображением Распятия был возведён на средства гетмана Яна Кароля Ходкевича и его супруги Софии Мелецкой. Новые потрясения для храма наступили во время военного конфликта 1654-1667 годов. Костёл и монастырь были разграблены, а сам костёл - сожжён. Погибли монахи и многие горожане, укрывавшиеся в монастыре. Восстановление храма финансировал гетман Великого княжества Литовского Михаил Пац, и в 1676 году состоялось освящение костёла во имя святых Франциска Ассизского и Бернардина Сиенского. В костёле был возведен ансамбль из 17 деревянных с позолоченной росписью алтарей, посвящённых страданиям Иисуса Христа, Пресвятой Деве Марии и святым Антонию Падуанскому, Бернардину и Франциску. На фасаде храма была написана фреска с изображённым на ней распятием, был реконструирован орган и перенесен в хоры пресвитерия. При подавлении восстания Тадеуша Костюшко в 1794 году, затем - во время военных действий 1812 года, костёл снова получил значительные разрушения. А в августе 1864 года, после подавления Январского восстания, монастырь упразднили, а Костёл Святых Франциска Ассизского и Бернардина Сиенского стал приходским. Орган был перенесен на балкон над входом костёла. Во второй половине XIX века алтари были украшены картинами и реликвиями из костёла тринитариев, расположенного на Антакальнисе. В 1974 году была построена колокольня в первоначальном архитектурном стиле костёла - готическом. Несмотря на все разрушения и реконструкции, в облике храма сохранился его первоначальный вид - готического храма с укреплёнными контфорсами, башнями и бойницами в северной стене здания. Элементы барокко и ренессанса были добавлены в более поздние периоды. Центральная часть главного фасада украшена стрельчатыми окнами и боковыми нишами с орнаментом. Интерьер костёла имеет 3 нефа одинаковой высоты, центральный - вдвое шире боковых. Неф переходит в более низкий пресвитерий, отделённый триумфальной аркой, и заканчивается гранёной апсидой. Пресвитерий предназначен для монахов, а основной трёхнефный зал костёла - для прихожан. В 1949 году Костёл Святых Франциска Ассизского и Бернардина Сиенского был закрыт, затем здание было передано Вильнюсскому художественному институту, в храме размещались складские помещения. В 1981 году на стенах костёла были обнаружены остатки готических многоцветных фресок с библейскими мотивами, геральдическими символами и цветочными орнаментами. В 1994 году храм вернули монахам бернардинцам. В настоящее время костёл является одним из крупнейших готических храмов Вильнюса и Литвы. Из четырнадцати алтарей, созданных в XVIII веке, сохранились одиннадцать, в том числе главный алтарь. Реликвией костёла является алтарь с иконой Божьей Матери, которую храм получил в дар в 1598 году от папы Климента VIII. Сохранились две часовни, построенные во второй половине XVII века, ажурные готические двери, надгробные памятники XVII века, церковная кафедра 1690 года. Орган костёла пострадал во время Второй мировой войны и сегодня не действует.