Свято-Николаевский мужской монастырь находится на краю города, на довольно возвышенном месте в устье речек Свияги и Калачика, впадающих в Туру. Монастырская усадьба занимает большую, можно сказать даже огромную, территорию, по площади равна половине территории Московского кремля.
В Свято-Николаевском мужском монастыре хранятся мощи Симеона Верхотурского, и поэтому он был и остается центром паломничества. Старейший монастырь Зауралья основан в 1604 году. Основателем его был черный поп Иона. В 1604 году он испросил позволение у царя Бориса Годунова на построение храма во имя Святого Николая Чудотворца с приделом во имя Святого Бориса и Глеба. Согласно царской грамоте, присланной на имя верхотурского воеводы Плещеева и головы Хлопова, отец Иона был обеспечен иконами, церковной утварью, богослужебными книгами, присланы были 2 колокола, весу в них 2 пуда 22 гривенки, кадило, потир. Кроме этого велено было верхотурскому воеводе дать в новоустроенный храм 15 гривен воску, полторы гривенки ладану и полведра церковного вина. Назначено жалованье - 3 рубля дьячку и о.Ионе - 6 рублей.
До 1704 года монастырь жил трудно и был мало известен. Причиною оживления обители послужило перенесение мощей Святого праведного Симеона, Верхотурского Чудотворца из села Меркушино.
Со временем на территории монастыря появились: Крестовоздвиженский собор, Преображенская церковь, Симеоно-Аннинская надвратная церковь.
1 января 1894 года монастырь был преобразован из штатного в общежительный. Было построено еще несколько зданий: каменные кузницы, баня, книжная лавка, 2 громадных каменных жилых здания, здание для церковно - приходской школы для глухонемых, был проведен водопровод.
В 1920 году были опечатаны мощи Святого Симеона Верхотурского. Позднее, 1925 году, закрыли и сам монастырь. В 1929 году мощи были изъяты и переданы в Тагильский музей для использования в антирелигиозной работе. В 1926 году в монастыре размещен трудовой дом для несовершеннолетних. В 1935 году перешел в ведение НКВД и переименован в трудовую колонию для несовершеннолетних.
Спустя некоторое время мощи Святого Праведного Симеона попали в запасники областного краеведческого музея и были возвращены церкви в 1989 году, а в монастырь были перенесены торжественно после реставрации и освящения Преображенского храма 12 мая 1992 году. После чего стала возрождаться традиция паломничества. В 1990 году Верхотурский Николаевский монастырь был возрожден к духовной жизни. В 1995 году была заложена новая церковь Николая Чудотворца. В 1996 году в монастыре открылся Православный музей, воскресная школа, для чего было отреставрировано бывшее общежитие для детей церковно-приходской школы.
До сих пор на территории монастыря ведутся реставрационные работы. Сегодня в монастыре проживает более 30 монахов, около 30 трудников, а также учащиеся духовного училища.